# 指南

ReacNetGenerator是基于反应分子动力学模拟轨迹的反应网络自动构建和可视化软件。本页面提供了快速上手的指南。

# 安装

从清华大学开源软件镜像站下载并安装 Anaconda 或 Miniconda,然后用conda安装ReacNetGenerator:

conda install reacnetgenerator -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

如果你想自己构建ReacNetGenerator,参见构建教程

# 使用

# 命令行

ReacNetGenerator可以处理任意类型含有原子坐标的轨迹文件,例如LAMMPS dump文件,可以通过在 LAMMPS 中执行dump 1 all custom 100 dump.reaxc id type x y z来获得:

reacnetgenerator --dump -i dump.reaxc -a C H O

其中,C、H、O 是轨迹中的原子种类。软件将自动生成分析结果

软件也可以处理含有键级信息的文件,例如LAMMPS键级文件:

reacnetgenerator -i bonds.reaxc -a C H O

运行以下命令查看帮助:

reacnetgenerator -h

# 图形界面

你可以打开 ReacNetGenerator 的图形界面:

reacnetgeneratorgui