引用和联系方式

ReacNetGenerator: an automatic reaction network generator for reactive molecular dynamic simulations, Phys. Chem. Chem. Phys., 2020, 22 (2): 683–691, doi: 10.1039/C9CP05091D

[email protected] (Jinzhe Zeng), [email protected] (Tong Zhu)

安装

从清华大学开源软件镜像站下载并安装 Anaconda 或 Miniconda，然后用conda安装ReacNetGenerator:

conda install reacnetgenerator -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

如果你想自己构建ReacNetGenerator，参见构建教程。

使用

命令行

ReacNetGenerator可以处理任意类型含有原子坐标的轨迹文件，例如LAMMPS dump文件，可以通过在 LAMMPS 中执行dump 1 all custom 100 dump.reaxc id type x y z来获得：

reacnetgenerator --dump -i dump.reaxc -a C H O

其中，C、H、O 是轨迹中的原子种类。软件将自动生成分析结果。

软件也可以处理含有键级信息的文件，例如LAMMPS键级文件：

reacnetgenerator -i bonds.reaxc -a C H O

运行以下命令查看帮助：

reacnetgenerator -h

图形界面

你可以打开 ReacNetGenerator 的图形界面：

reacnetgeneratorgui

荣誉

• 2019年（第十一届）上海市大学生计算机应用能力大赛一等奖
• 2019年（第12届）中国大学生计算机设计大赛一等奖

Acknowledge

• 国家自然科学基金（编号91641116）
• 国家大学生创新创业训练计划项目（201910269080）
• 华东师范大学仪器共享平台（001号）