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ReacNetGenerator

基于反应分子动力学模拟轨迹的反应网络自动构建和可视化软件

下载

轨迹

处理包含原子坐标或键级的轨迹

过滤

基于隐马尔科夫模型的噪声过滤

同分异构体

根据 SMILES 识别同分异构体

网络

使用力引导算法生成反应网络

HTML5

展示可交互的网页结果

快速

包含并行计算和性能优化

# 引用和联系方式

ReacNetGenerator: an automatic reaction network generator for reactive molecular dynamic simulations, Phys. Chem. Chem. Phys., 2020, 22 (2): 683–691, doi: 10.1039/C9CP05091D

[email protected] (Jinzhe Zeng), [email protected] (Tong Zhu)

# 安装

从清华大学开源软件镜像站下载并安装 Anaconda 或 Miniconda,然后用conda安装ReacNetGenerator:

conda install reacnetgenerator -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

如果你想自己构建ReacNetGenerator,参见构建教程

# 使用

# 命令行

ReacNetGenerator可以处理任意类型含有原子坐标的轨迹文件,例如LAMMPS dump文件,可以通过在 LAMMPS 中执行dump 1 all custom 100 dump.reaxc id type x y z来获得:

reacnetgenerator --dump -i dump.reaxc -a C H O

其中,C、H、O 是轨迹中的原子种类。软件将自动生成分析结果

软件也可以处理含有键级信息的文件,例如LAMMPS键级文件:

reacnetgenerator -i bonds.reaxc -a C H O

运行以下命令查看帮助:

reacnetgenerator -h

# 图形界面

你可以打开 ReacNetGenerator 的图形界面:

reacnetgeneratorgui

# 荣誉

  • 2019年(第十一届)上海市大学生计算机应用能力大赛一等奖
  • 2019年(第12届)中国大学生计算机设计大赛一等奖

# Acknowledge

  • 国家自然科学基金(编号91641116)
  • 国家大学生创新创业训练计划项目(201910269080)
  • 华东师范大学仪器共享平台(001号)